儒家的理性化合理性标准本来是常识理性，即常识是合理的。这包括人之常情，人伦关系，自然常识等等。也就是说，合理性的标准是常识和基于常识的思辨。那么，人的自然欲望感情也就应该具有合理性才对，而且据此可以提出权利的概念。但是，儒家思想具有天人合一的结构，且看朱熹是如何在天人合一的结构下把儒学理性化的。

朱熹首先提出了「天理」的概念。所谓天理，就是一个没有具体内容的，没有物质意义的，没有存在实体却又无处不起作用的，根本无法验证却又是不证自明的「真理」或者「规律」，它是万物存在的根据，是形而上的「道」。那么形而上的「道」又是如何形成形而下的「器」的呢？朱熹又提出了「气」的概念。宇宙万物是由「气」生成的。万物生生的过程就是理支配气的过程。「先有理而后有气」，同时理又离不开气。「理」就是事物应该的模样，事物就是由代表物质的「气」，依照“应该的模样” 去充填而形成的。如果「气」充填得“过份” 与“不及”，均不能达到理想状态。理想的状态就是善，不理想的状态则是恶。

理与气在人身上相对应的就是性与情。情就是性的体现，情过度的时候就成为欲，就是恶。而人的性情的理性想状态就是儒家的道德和伦理规范，社会的理想状态就是儒家的社会秩序。于是常识理性就由对人的自然欲望感情的肯定，变成了“存天理，灭人欲”。

由此可见，儒家的理性化，是改变人欲去适应儒家的道德规范、社会秩序和适应自然；这与西方肯定权利的正当性、鼓励通过改造自然来满足人欲相比，恰恰是一种反动。理学的出现，就是中国落后的开始。

为什么会这样？就是因为儒家思想具有天人合一的结构，是一种形而上学的道德哲学。理想的宇宙秩序和理想的人伦关系是从形而上的天理推导出来的，而天理的合理性是不证自明的。凡是不合天理的就是不合理的。因此，儒家根本不关心人的实际情况如何，而只关心人应该如何。这就使儒家将精力放在改造人的道德上，放在教化天下上；只要人人都遵守儒家的道德规范，儒家的理想社会——大同，就会实现。“存天理，灭人欲” 就变成了合理的，而儒家道德规范和社会秩序是否有弊病和应否因人情而加以改革的问题，儒生们想也不会想。由于儒家思严重脱离实际，不但“大同” 从来没有实现过，儒家社会的道德水平也没有什么值得称道的地方。非但如此，中国的科技和生产力水平，也由大幅领先于世界变成了大幅落后于世界。